מלחמת החיידקים שהתפתחו בחברות האדםבדגשמרכז ודרום אמריקה.
ההשראה לכתיבת כתבה זו באה לי מקריאת הספר – רובים חיידקים ופלדה.
חשובים לא פחות במלחמות הכיבוש היו החיידקים שהתפתחו בחברות אדם בעלות חיות מבויתות ( החיידקים שנרכשו מחיות הבית מילאו תפקיד מכריע בכיבושי האירופים).מחלות מידבקות כמו האבעבועות השחורות,החצבת והשפעת ,שהופיעו כחיידקים מיוחדים לבני האדם, שהתפתחו ממוטציות של חיידקים קודמים דומים מאוד שניגעו בעלי חיים.בני האדם שבייתו בעלי חיים היו הראשונים שנפגעו מהחיידקים החדשים,אבל אותם בני אדם פיתחו אחרי כן עמידות ממשית למחלות החדשות.כשבא עם מחוסן למחצה במגע עם עמים אחרים שלא נחשפו קודם לכן לחיידקים,התוצאה הייתה מגפות שבהן מתו עד 99% מין האוכלוסיה המקומית.
הדוגמאות הקשות ביותר לתפקיד החיידקים בהסטוריה באות מהכיבוש של יבשת אמריקה בידי הארופאים שהחל במסעו של קולומבוס ב 1492 .
דרך ההפצה הקלה ביותר הפתוחה בפני החיידק היא להמתין עד שיועבר העברה פסיבית אל הנפגע הבא.זו האסטרטגיה שנוקטים החיידקים שממתינים עד שפונדקאי אחד ייאכל בידי הבא:למשל ,
1.חיידק הסלמונלה,שאנו נדבקים בו כשאנו אוכלים בייצים או בשר שכבר נוגעו בחיידק,
2.התולעת הגורמת לאניסקיאזיס,אשר היפנים ואמריקאים חובבי סושי נדבקים בה מפעם לפעם כשהם אוכלים דג נא.
יש חיידקים שאינם ממתינים עד שפונדקאי שלהם ימות ויאכל,אלא לוקחים טרמפ ברוק של חרק שעוקץ את הפונדקאי שלהם ועף לו למצוא פונדקאי חדש.את ההסעה בחינם יכולים לספק:יתושים,פשפשים,כינים וזבובי צה צה שהפיצו את המלריה,הדבר,הטיפוס ומחלת השינה,
יותר ילידים ביבשת אמריקה מתו במיטותיהם מחיידקים אירו אסיאתיים מאשר בשדות הקרב,מרובים וחרבות אירופיים.החיידקים האלה ערערו את כוח העמידה ש ל האינדיאנים רובם נקטלו ובינהם מנהיגים חשובים מהעדה השבטית,ובסופו של דבר יד השורדים הייתה רפוייה ואז הכיבוש הספרדי היה מובטח ואמריקה ניתנה להם כבמגש של כסף כשהעדיפות המספרית בתחילת הכיבוש הייתה עצומה לאומת קומץ החיילים הספרדים שהגיעו ככובשים ובטח לא למטרות שלום.
ואולם החיידקים לא פעלו רק לטובת האירופים.באסיה ובאפריקה היו מחלות אפידמיות שהמתינו לאירופים.המלריה בכל רחבי העולם הישן הטרופי,הכולרה בדרום מזרח אסיה הטרופית,הקדחת הצהובה באפריקה הטרופית היו (ועדיין הן) הקטלניות הטרופיות הנודעות לשימצה.דוגמא יפה ניתן למצוא בניסיון הלא מוצלח של הצרפתים להקים את תעלת פנמה.למרות ניסיונם הרב מבניית תעלת סואץ כאן הם נכשלו לא במעט בגלל המגפות שתקפו את הכוחות הצרפתיים.
בשנת 1519 נחת קורטס על חוף מקסיקו עם 600 ספרדים,לכבוש את האימפריה האצטקית,אימפריה בעלת רוח מיליטריסטית עזה ואוכלוסיה של מיליונים רבים.העובדה שקורטס הגיע אל בירת האצטקים טנוצ'טיטלן,נחלץ באובדן שני שליש מכוחו והצליח לחזור תוך כדי לחימה אל החוף,מוכיחה את היתרונות הצבאיים של הספרדים (מייצגי העולם המודרני) והן את תמימותם של האצטקים בתחילה (על הסיבות לתמימותם נעמוד בהמשך).כשבאה ההתקפה השניה של קורטס נוסף מרכיב נוסף במערכה: הילידים חלו במחלות אותן הביא עימו האדם הלבן כרי האבעבועות השחורות,שהגיעו בגופו של עבד מנוגע אחד שבא מקובה הספרדית.פריצת המגפה קטלה כמעט ממחצית האצטקים ובכללם הקיסר קויטלואק, רוחם של האצטקים ששרדו רפתה וכאילו הוכיחה המחלה שהספרדים הם בלתי מנוצחים. עד1618 צנחה אוכלוסית הילידים במקסיקו מכ 20 מיליון בני אדם ל1.6 מיליון.
דוגמא נוספת לתמותה כתוצאה מהחיידקים האירואסיאתיים האי אספניולה שאוכלוסית האי ירדה מ 8 מיליון כשהגיע לשם קולומבוס ואפס ב 1535.